La farine d’épeautre ou la farine de petit épeautre sont fabriquées à partir de deux espèces de blé (genre triticum) cultivées depuis les débuts de l’agriculture.

L’épeautre apparaît au Ve millénaire av. J.-C., et peut-être déjà au VIe millénaire av. J.-C., au sud-est de la Caspienne. Dès 4700 av. J.-C., on le retrouve en Moldavie, puis vers 3750 av. J.-C. en Bulgarie. Il s’agit au début d’impuretés dans des cultures d’engrain ou d’amidonnier, puis de cultures pures d’épeautre. À l’âge du bronze et à l’âge du fer, il est bien établi dans toute l’Europe centrale et dans l’Europe du Nord.

Les Romains ont adopté tardivement vers 301 apr. J.-C. le nom de spelta, d’origine germanique, et plus précisément de Pannonie selon Saint-Jérôme. Mais très tôt, ce nom semble avoir désigné à la fois le grand épeautre (Triticum aestivum subsp. spelta) et le petit épeautre (Triticum monococcum).

L’extension de sens du nom allemand et de ses équivalents dans les autres langues à tous les blés vêtus a été entretenue par le fait que Spelzen désigne les enveloppes (glumes et glumelles) des blés.

En Grèce, on pense que le blé, cité tardivement par Galien, était également l’épeautre.

L’épeautre était très estimé au Moyen Âge. L’épeautre est longtemps resté préféré dans certaines régions européennes pour son goût, mais il demandait une opération de plus que d’autres variétés de blé tendre : le décorticage. Avec la disparition au xixe siècle des moulins artisanaux qui détenaient ce savoir-faire, l’épeautre a pratiquement disparu. Le gruau d’épeautre a dû également reculer devant la semoule de blé dur.

En 2017, il fait partie des céréales employées en agriculture paysanne et en alimentation diététique, et connaît un regain d’intérêt.